(一)区域差异大,区际利益协调与合作难。长期以来,跨省合作一直是长江经济带经济发展的一个大难点。九省二市的经济发展水平差异大,其中既有发达的长三角区域,也有欠发达的川滇黔地区,甚至还有连片贫困的地区。不同区域功能区划不同,发展任务和目标也不同,不同区域有着不同的利益诉求,跨区协调与合作难度大。
(二)在生态保护与经济发展问题上,政府、企业、居民之间还有分歧,推进高质量发展的合力形成难。长江经济带的高质量发展需要社会各方积极参与,涉及到中央政府和地方政府之间、地方省市县乡各级政府之间相关事权、责任、财力之间的合理划分,也涉及到政府与企业、居民家庭之间的生态环保治理责任的划分。从目前情况看,各级政府、各类企业以及居民要统一认识形成合力还很难。
(三)产业转型与结构升级难。目前长江经济带集中了较多高耗能高排放的重化工业,包括硫酸、化学纤维、化学农药原药等行业,产值都超过了全国的55%,其中化学纤维超过了80%,此外还有大量的机械、冶金、汽车制造、服装加工等行业。这些传统行业需要大量的资金、技术进行升级改造,然而这些专用性资产及其产品升级改造十分困难。
(四)地方保护主义、市场分割妨碍了要素流动,资源的空间合理配置与优化难。由于九省二市涉及到的不同地方政府部门繁多,各级政府、各个部门出于地方利益或部门利益保护,形成了不少的进入壁垒,阻碍了资本、人员、技术等要素的充分流动,导致区际之间资源的空间配置效率降低,跨区域的产业深度分工和专业化合作难。